甘酒などの発酵食品を食べると免疫力がアップすることが経験的に知られている。現代は食生活やライフスタイルの変化が原因で、日本人の腸内環境が悪化しているといわれている。以前は少なかったアレルギー性疾患や自己免疫疾患が増えたのは、腸内環境の変化が原因の一つという指摘もある。 　
腸管免疫系は、全身の免疫系の約70％を占める主要な系であり、病原細菌を識別し排除する。しかし、最近の日本のように過度に衛生状態がクリーンになると、時として免疫応答が過敏になりアトピーや花粉症が問題となっている。人間の細胞は約38兆、腸内には、100〜200種 類、70〜100兆個の細菌が生息している。細胞数から見ると人間より細菌の方が多いのだ。（人間＋細菌）を合わせて超生命体（Superorganism）と呼ぶことを、ノーベル賞受賞学者であるジョシュア・レーダーバーグ博士が2000年に提唱している。すなわち、「人間はヒトの細胞と体内に生息する細菌とで構成されている」という考え方である。 　
また、腸内に生息する細菌の種類により、ヒト（宿主）の健康は大きな影響を受けることが明らかになりつつある。具体的には、肥満、認知症、さらに寿命までに影響を及ぼすことがネズミなどの実験で判明しつつある。ちなみに、超生命体という用語は、ゲーム「にゃんこ大戦争」（2010年に配信されたゲームアプリ）に登場するようであるが、レーダーバーグ博士の方が10年早いことになる。 　
腸管免疫に関する学説として、「衛生仮説」がある。1989年にStrachanが英国人（17,414名）を対象とした23年間の追跡調査を行い、花粉症の割合が幼少時の成育環境における細菌やウイルス感染暴露が少ない、つまり衛生的であることがアレルギーの発症原因になるという衛生仮説 （Hygiene Hypothesis） を提唱したものである。これは、仮説と呼ばれているが、その後、欧州や日本など多くの国や地域で同様な疫学的調査が行われ、Strachanの仮説と同様の結果が得られている。 　
これによると、ヨーグルトなどにより乳酸菌を摂取するのは、疑似細菌感染という意味で効果的ということができる。しかし、環境中には、細菌、カビ、酵母などの様々な微生物が存在する。乳酸菌は細菌の仲間であり、安全な微生物である。カビの仲間で、安全な微生物は何かと考えてみると、 食品に使われているカビとして味噌や醤油の麹菌、それにロックフォールチーズなどのアオカビが頭に浮かぶ。甘酒は麹菌をそのまま摂取する食品であり、安全なカビを摂取するという意味では最も適している。日本酒や味噌も健康に良い成分を多く含んでいるが、それぞれ、エタノール、食塩を含むため過度の摂取は健康被害を起こす。甘酒はそのようなことがない。 　
日本薬科大学で甘酒プロジェクトを2016年4月に開始 した。麹菌のもつ様々な機能（健康、美容など）を、広く、国民に知ってもらうことを目的とした。キックオフミーティング で発表したロードマップは図５の通りである。ここに示した「2025年 甘酒の生産量、消費量がヨーグルトの20％以上となる。」は実現していないように思うが、甘酒の消費量は着実に増加してきている。このプロジェクトで、「アトピー、花粉症の人が日本では10％？減少するかも！！」はまだ実感としては実現していないが、10年後に期待したい。そうすれば、「国民医療費の削減！！ 国民の健康福祉に貢献！！」することになるだろう。そして、まだまだ研究の遅れている麹菌の機能性研究の成果は、和食の健康機能性の説明に役立つに違いない。 　
ちなみに、ほぼ同時に企画した、東大甘酒プロジェクト（東京大学）は2020年7月になって発売となった。単科大学である日本薬科大学に比べて東京大学は組織が巨大であり発売まで東大本部での商品企画プレゼン、製造会社の選定、販売方法など、思いの外に時間がかかり予定よりだいぶ遅れて東大グッズとして販売されるようになった。使用している米は東京大学農学部（田無農場）生産のもの、使用麹菌は酒の神様と呼ばれた坂口謹一郎先生の分離した麹菌を使用している。 　
日本薬科大学甘酒プロジェクトのスピンアウト製品として、日本薬科大が井上スパイス工業と開発した「糀カレー」が2018年に発売されている。コンセプトは和のテイストのカレーということで小麦の代わりに米粉を、砂糖は使わず甘酒の甘さでまろやかな味が特徴となっている。

　日本薬科大学　甘酒プロジェクト（2016.4開始）     
   麹菌のもつ様々な機能（健康、美容など）を広く、国民に知ってもらうことを目的とする。

　ロードマップ
　2016年　日本薬科大学の甘酒（甘こうじ）第1弾　発売
　2017年　甘酒　第2弾、第3弾　発売。東大甘酒　発売
　
　　　　　（甘酒の健康機能性の研究が進む）

　2020年　甘酒の人気により、大手食品メーカーが甘酒を製造販売するようになる
　2021年　全国の食品メーカーや大学が、甘酒（麹菌）の機能性について研究を多数発表するようになる。
　　　　（麹菌がもつ機能性についての科学的エビデンスが蓄積される。）
　2025年　甘酒の生産量、消費量がヨーグルトの20％以上となる。

　アトピー､花粉症の人が日本では10%？減少するかも‼　国民医療費の削減‼　国民の健康福祉に貢献‼　麹菌の機能性は、和食の健康機能性の説明に役立つ‼

2005年に我が国の産学官の研究チームにより麹菌ゲノム解析が完了した。この結果、麹菌のゲノムサイズは37メガベースで約12,000遺伝子を持つことが明らかになった。清酒酵母と比べてゲノムサイズで約3倍、遺伝子数で約2倍であり、酵母よりかなり複雑な構造をもつ高等な微生物である。 　
翌年、2006年10月12日の日本醸造学会大会で、東北大学名誉教授の一島英治先生により基調講演「麹菌は国菌である」が行われ、麹菌（Aspergillus oryzae）が国菌に認定された。国の花や鳥を決めている例は多いが、国菌は世界で初めての例であった。その後、2012年にインドで ヨーグルト製造に使われるLactobacillus bulgaricusがNational microbeとして、また、2013年に米国オレゴン州でSaccharomyces cerevisiaeがState microbeとして定められている。
さて、酒造りに使われている麹菌はどこから来たのだろうか？様々なカビのゲノム解析の結果から、麹菌A. oryzaeはA. flavusから家畜化された微生物だと言われている。A. oryzaeとA. flavusのゲノム配列は全体に非常によく似ている（98％以上）が、次のような点で異なっている。すなわち、麹菌A. oryzaeはα-アミラーゼ遺伝子を3つ持ち（A. flavusは1つ）、分生子（胞子）に存在する核数は3〜5と多核（A. flavusは１つ）であり、分生子（胞子）の形成は暗条件（A. flavusは明条件）で行われるなどの違いがある。さらに、A. flavusはカビ毒のアフラトキシンを生産するが、A. oryzaeはアフラトキシン生産遺伝子に欠損があることも判明した。麹菌は以前からアフラトキシンを生産しないことがわかっていたが、ゲノム情報からもその安全性が確認された。 　
以上のことから、麹菌は日本人が家畜化した微生物（Domesticated microorganism）と言える。家畜化微生物としてはビール酵母が代表的なものである。最近、植物、動物などで栽培化、家畜化という概念を人間との共進化と捉える考え方が登場している。この点からは、麹菌は共進化微生物（Co-evolved microorganism）と呼ぶ方が適切かもしれない。