みそのルーツは古代中国の「醤（ひしお）」や「豉（し）」に遡ります。701年の『大宝律令』には「醤、豉、未醤（みしょう）」に関する記述があり、901年の「日本三代実録」に「味醤」の表記が現れます。 古代・中世では上流階級の贅沢な調味料でしたが、戦国時代になるとタンパク質と塩分を補給できる「兵糧（陣中食）」としての価値が高まります。伊達政宗の「御塩噌蔵」は初の味噌工場とされ、武田信玄の「陣立て味噌」は行軍中に発酵させ陣中で食べたと言われます。江戸時代には庶民の自家製みそ（手前みそ）が定着しました。時代により、みそに求められる価値が変化してきたといえます。

みそは使用する麹の種類によって大きく3つに分類されます。大豆に米麹を合わせる「米みそ」、大豆に大麦の麦麹を合わせる「麦みそ」、大豆そのものに麹菌を培養した豆麹のみで仕込む「豆みそ」です。米みそと麦みそは蒸煮大豆に各麹と食塩を混合しますが、豆みそは蒸煮大豆に直接麹菌を繁殖させて豆麹を作り食塩水と混ぜるため工程が異なります。 日本の食品表示基準において、みそは蒸煮（じょうしゃ）大豆に米麹や麦麹、食塩を加えて発酵・熟成させたもの、あるいは大豆に直接麹菌を培養して食塩を混ぜたもので、「半固体状」と定義されています。また、みそ同士を混ぜ合わせたものや、複数の麹を混合して作ったものは「調合みそ（合わせみそ）」と呼ばれます。
市場の約8割は米みそですが、原料の違いで風味が大きく異なります。だし等を加えた製品も認められますが、水分を加えて流動性を高めた「液状みそ」などは、正式表示上「みそ調味料」や「みそ加工品」となり、純粋な「みそ」の２文字では表示できない規則となっています。

みその風味は、麹菌、耐塩性酵母、耐塩性乳酸菌という3つの微生物の働きで作られます。麹菌は生育過程で多様な酵素を生産します。この酵素が大豆のタンパク質をアミノ酸（主に旨味成分のグルタミン酸）へ、米や大麦のデンプンをブドウ糖（甘味成分）へ分解します。さらに大豆の脂質を分解して脂肪酸を作り、香り成分の基礎を形成します。10％前後の食塩環境下で生存する耐塩性酵母は、芳香成分を作り出し豊かな香りをもたらします。耐塩性乳酸菌は乳酸を生成してpHを下げ、爽やかな酸味を加えるとともに、塩辛さを抑える「塩慣れ」効果を発揮します。加熱処理を行わない「生みそ」は微生物や酵素が生きており、発酵が進みガスが発生します。そのためカップ容器では通気弁を設け、袋詰め製品では発酵抑制のため1〜2％のアルコールを添加します。一方、加熱処理を行う「火入れみそ」は保存や流通が容易になりますが、生みそと比べて風味が変わります。

全国のみそは地域文化圏を形成しています。生産量の約80％を占めるのが「米みそ文化圏」で全国に分布します。「麦みそ文化圏」は九州や四国、中国地方、北関東の埼玉・栃木などで全体の約5％を占めます。東海3県を中心とする「豆みそ文化圏」も約5％を占めます。「信州みそ」は長野県を中心に生産される淡色辛口の米みそで、全国生産量の約4割を占めます。爽やかな香味が特徴で、震災や戦災の食糧救援等を経て全国へ普及したといわれています。「仙台みそ」は、麹歩合を低く抑えて長期熟成させた赤色辛口の米みそで、重厚な旨味と高い保存性を誇ります。九州の麦みそは麦麹の割合が高い甘口が多く、特有の香ばしさがあります。埼玉や栃木でも大麦栽培から辛口麦みそ文化が継承されています。「豆みそ（八丁味噌など）」は濃い赤褐色と固い質感、濃厚な旨味と特有の渋みがあり、味噌煮込みうどん等に重宝されます。

みその色や味わいは、「麹歩合（こうじぶあい）」「食塩濃度」「熟成期間」「原料処理の方法」の4つの条件で決定されます。「麹歩合」とは、大豆に対する原料米もしくは麹の重量比率を示す数値です。大豆10に対する麹の割合を表し、麹歩合が高いほど甘味が強くなり、色合いも明るくなります。麹歩合が高いみそ（大豆10に対し麹15〜20以上）はブドウ糖が多く、甘口になります。食塩濃度を低くすると熟成期間が短くなり淡色みそや白みそになります。一方、麹歩合を抑え食塩濃度を12％前後にした辛口みそは、長期間熟成させて深みのある味わいとなります。熟成期間が長くなるとアミノ酸と糖が反応して褐色変化が進み赤色へ変化します。
また、大豆を「煮る」か「蒸す」かという原料処理も色に大きく影響します。京都の白みそ（西京みそ等）と東京の「江戸甘みそ」は、共に麹歩合約20歩（大豆に対し約2倍の麹）で食塩濃度約5％、約1週間の短期熟成で作られる甘口みそですが、色は白と濃い褐色で対極です。この違いは「原料処理」です。白みそは大豆を「煮る」工程で皮を取り着色成分を除きます。江戸甘みそは大豆を3日間じっくり高温で「蒸す」ため、大豆自体が濃い褐色となり赤みそに仕上がります。

会場では「米みそ（信州みそ 白山吹）」「麦みそ（チョーコー醤油 麦みそ）」「豆みそ（カクキュー 八丁味噌）」の3種類のみその食べ比べ体験を行いました。米みそは滑らかなペースト感と爽やかな塩味があり、馴染み深い味わいでした。麦みそは大麦の筋の食感が残り、溶かすとまろやかな甘味が際立ちました。豆みそはボソボソとした質感で濃い黒褐色をしており、強いコクと旨味、わずかな渋みが感じられる力強い味わいでした。味噌汁の食塩濃度を約1％（みそ自体の食塩濃度10〜12％に対し約10倍希釈）に調整すると最適なバランスとなります。豆みそに米みそや麦みそを少量加える「合わせみそ」を行うと、角が取れて飲みやすい「赤だし」の味わいに変化します。

日本国内のみその年間生産量は1960年の約83万8千トンをピークに減少していますが、近年はおおむね横ばいです。和食のユネスコ無形文化遺産登録や発酵食品の評価が背景と考えられます。購入量は長野市が1位、秋田市が2位となっています。1980年代には酵素によるだし成分分解の課題を克服した「だし入りみそ」が登場しました。その後、フリーズドライみそ汁や「液状みそ（表示上はみそ調味料等）」が登場しています。また、八丁味噌を粉末化した「八丁味噌パウダー」や削って使う「みそ節」など新しい調理法の提案が行われています。
一方、みその海外輸出量は過去36年間で数量約10倍、金額約14倍へと成長しています。また、他国調味料と区別するため、国菌「アスペルギルス・オリゼ」の使用や「ばら麹」製法を規定したJAS規格策定なども行われています。しかし、清酒が高付加価値化しているのに比べると、単価向上が課題です。