圧搾直後の生揚げしょうゆには、大豆に由来する多量の油（しょうゆ油）が含まれており、清澄タンクの中で貯えておくと、生揚げしょうゆの上部に浮かんできて、油の層をつくります。この「しょうゆ油」は、古くから燃料（江戸時代には「燈油」）やせっけんの原料、機械油として利用されてきました。

キッコーマン食品では、1994年以降、しょうゆの製造工程から排出されるしょうゆ油の大半を、カーボンニュートラルなボイラーの燃料として利用することにより、化石燃料の使用量の削減にもつなげています。

2022年6月、キッコーマン食品野田工場は、千葉県立農業大学校の「未利用資源の飼料的価値」研究に協力して、しょうゆの製造工程で発生する大豆の粉220㎏を提供しました。農業大学校ではこれを肥育後期の豚に給与し、発育成績・官能検査・経済性を調査し、飼料的価値を確認することとしています。これまで大豆の粉は、産業廃棄物として処分されていますので、もし飼料的価値が確認されれば、畜産農業に寄与するばかりか、産業廃棄物から発生するCO₂削減など、環境保全にも役立つことになります。

キッコーマンソイフーズでは、「調製豆乳」や「おいしい無調整豆乳」などの豆乳製品を製造・販売しています。
豆乳は、大豆をゆでた後に破砕し、搾って製造しますが、この際に残る搾りかすが「おから」です。
キッコーマンソイフーズでは、副産物であるおからを乾燥して粉末化させ、食品原料などとして販売しています。

2018年度には、家庭向けのおから製品「キッコーマン　豆乳おからパウダー」を発売しました。
この「キッコーマン　豆乳おからパウダー」は、食物繊維や植物性たんぱく質など、大豆の栄養を豊富に含んでおり、わずか大さじ1杯でレタス約1/2個分の食物繊維を摂ることができます（日本食品標準成分表2015を用いた試算）。きめ細やかでなめらかな食感で、水分となじみやすく口溶けがよいのが特徴です。しかも、キッコーマンソイフーズ独自の「大豆の豆臭さを抑えた豆乳の製造工程」で生じる副産物（おから）を原料として用いているため、豆臭さが少なく、ヨーグルトやスムージー、味噌汁などに料理の風味を損なうことなく混ぜられ、大豆の栄養を毎日簡単に摂ることができます。
また、小麦粉の代わりとして、パンケーキの生地やカレーのとろみ付けなどに使えば、「グルテンフリー」の献立づくりにも活用できます。

この「キッコーマン　豆乳おからパウダー」は、こうした使い勝手のよさなどが高く評価され、株式会社サンケイリビング新聞社の第25回リビング新聞「助かりました大賞」の食品・飲料部門（10商品）に入賞しました。

キッコーマングループでは、工場から排出される排水を併設の処理施設にて浄化処理し、処理後に放流する河川などの汚染防止に万全の注意を払っています。この排水処理施設において、浄化処理する過程で発生する泥状の沈殿物や浮遊物が「汚泥」です。

2023年3月、キッコーマン食品は家庭での食品ロス削減に役立つ特設サイト「おトクはっけん冷蔵庫 みつけて！あまりんズ」を公開しました。

日本では食品ロスの約半数は家庭から出ているといわれ（※）、キッコーマンの調査でも、キャベツ、白菜、大根などの大きな野菜や、焼肉のたれやトマトケチャップなど用途の限定されやすい調味料が、家庭の冷蔵庫で余りやすいことがわかりました。

そこで、サイトでは、これらの食材に合わせたおすすめの使い切りレシピや、余りやすい調味料を活用したレシピを紹介すると同時に、キャベツの芯や白菜の外葉等、普段捨ててしまいがちな部分をおいしく調理するレシピや、食材を長持ちさせる保存方法もお伝えしています。